Výkonným orgánom mestského zastupiteľstva a primátora mesta je Mestský úrad, ktorý má sídlo v budove na Radničnej ulici č. 25. Je zložený zo zamestnancov mesta. Mestský úrad zabezpečuje organizačné a administratívne veci mestského zastupiteľstva a primátora mesta, ako aj orgánov zriadených mestským zastupiteľstvom.

Mestský úrad najmä:

1. zabezpečuje písomnú agendu orgánov mesta a orgánov mestského zastupiteľstva a je podateľňou a výpravňou písomností mesta,
2. vypracúva písomné vyhotovenia všetkých rozhodnutí primátora vydaných v správnom konaní,
3. vykonáva všeobecne záväzné nariadenia mesta, uznesenia mestského zastupiteľstva a primátora mesta.

V súčasnosti má Mestský úrad vo Fiľakove tieto oddelenia:

• Klientske centrum
• Oddelenie vnútornej správy (vedúci JUDr. Norbert Gecso)
• Oddelenie ekonomiky a majetku mesta (vedúci Ing. Zoltán Varga)
• Oddelenie výstavby, životného prostredia a stratégie rozvoja (vedúci Ing. Ivan Vanko)
• Oddelenie školstva, kultúry a športu (vedúca Mgr. Ildikó Csányiová)

Okrem týchto oddelení je mesto Fiľakovo aj sídlom Spoločného obecného úradu, v rámci ktorého vykonáva hospodársko-správne činnosti na úseku školstva a agendu stavebného poriadku. Štatutárnym zástupcom SPOcÚ je primátor mesta Fiľakovo Mgr. Attila Agócs, PhD. V SPOcÚ sú združené okrem Fiľakova tieto obce: Belina, Biskupice, Bulhary, Buzitka, Čakanovce, Čamovce, Holiša, Nitra n/Ipľom, Kalonda, Fiľakovské Kováče, Ratka, Prša, Radzovce, Šiatorská Bukovinka, Šíd, Šávoľ, Šurice, Veľké Dravce.

Mesto má na metodické riadenie škôl zriadený školský úrad, ktorého zamestnancom je Mgr. Ildikó Csányiová.